После победы над пожирателем времени принцесса Шала и Кид стали одним целым, а миры слились в один, Единый мир. Волшебница стёрла память всем жителям Эль Нидо, чтобы они не помнили ни о чем из того, что случилось за последнее время.
Но никто и предположить не мог, что из-за перемен во времени Линкс смог вернуться. Только он теперь не под контролем СУДЬБЫ. Теперь он обычный полу-человек со своей душой, со своими эмоциями...со своими целями. И Линкс захотел власти, власти над всеми мирами во вселенной. А перед этим отомстить Сержу и забрать у Кид предметы, с помощью которых можно спокойно странствовать по мирам, а то есть: Астральный Амулет, Яйцо Времени и... предмет под названием Time Shifter (Переходник Времён), с помощью которого можно вернуться в прошлое, или попасть в будущее, изменив ход истории...